Fue fundado con la denominación de CD Puerto en 1950 y actualmente juega en Segunda División B. Este equipo tiene como objetivo la formación de jugadores que puedan formar parte del primer equipo cuando el entrenador del mismo lo considere oportuno. En julio de 2017, el club navarro anunció que rompía toda relación o diplomacia con el club bilbaíno tras el pago de la cláusula de rescisión del contrato del futbolista juvenil Jesús Areso por parte del club vasco.
En la década de los 80 la trayectoria deportiva fue bastante regular, siendo los acontecimientos más destacables el triunfo en la Copa del Rey de 1986. El 26 de abril de 1986 el Real Zaragoza conseguía su tercera Copa de España, primera con la denominación de Copa de S.M. Rey. Después de eliminar al Real Madrid en las semifinales, el Real Zaragoza se enfrentaba en la final al F. C. Barcelona en el Estadio Vicente Calderón y una falta de Rubén Sosa pegaba en la barrera, desviando la trayectoria del balón y haciendo inútil la estirada de Urruticoechea.
